延暦寺に伝わる仏像、仏画、書跡などの文化財が保管されています。国宝や国の重要文化財に指定されているものも多く、入れ替えがなされながら展示されています。「仏教美術と信仰」と題した常設展では、平安時代に制作された千手観音菩薩立像（重要文化財）などを拝観することができます。